Vagner Canotilho nasceu a 30 de Março de 1945 em Mooca – São Paulo  – Brasil. Depois de alinhar nas camadas jovens do Inter Limeira e na Juventus de S. Paulo chegou muito jovem a Portugal para jogar no Leixões.

Em Matosinhos (onde esteve 4 anos) era avançado e goleador e entretanto voltou por uma época ao Brasil para rumar à Portuguesa. Logo regressou a Portugal onde se destacou muito no Vitória de Setúbal sob a batuta de Fernando Vaz e Pedroto.

Chegou ao Sporting no início da temporada 1971/72 (proveniente dos setubalenses) e estreou-se oficialmente de “leão ao peito” (com o técnico Fernando Vaz) a 15 de Setembro de 1971 no Estádio José Alvalade em jogo referente à 1ª mão da 1ª eliminatória da Taça das Taças, no qual o Sporting venceu o Lyn Oslo (Noruega) por 4-0.

Nessa 1ª temporada não conseguiu chegar à titularidade (16 presenças), numa altura em que o meio-campo sportinguista tinha Nelson, Peres e Tomé. No entanto, a partir da época seguinte, constituiu durante 3 anos uma das “traves mestras” da equipa. Médio polivalente que se adaptava facilmente a qualquer posição, era um jogador versátil dotado duma boa técnica individual e grande visão de jogo, destacando-se ainda pela sua forte capacidade de liderança, caraterística que o conduziu até capitão de equipa.

Marcou o 1º golo a 23 de Setembro de 1972 numa partida em Faro para o Campeonato (3-1). Nessa temporada contribuiu para a conquista da Taça de Portugal e no ano seguinte para a “dobradinha” do Sporting de Mário Lino. Em 1974/75 realizou a sua última temporada como sportinguista na qual, a par de Damas, foi dos mais utilizados da equipa (37 jogos). Fez o último jogo a 29 de Maio de 1975 na meia-final da Taça de Portugal no Bessa (derrota por 1-0 no prolongamento). Marcara pela última vez a 13 de Abril frente ao Oriental (3-0).

Fez um total de 4 épocas, 118 jogos oficiais e 9 golos pelo Sporting. Ganhou 1 Campeonato Nacional e duas Taças de Portugal.

Após sair de Alvalade voltou a Setúbal onde alinhou mais 3 épocas e terminou a carreira. Voltou depois ao Brasil (onde se tornou treinador) mas depois regressou a Portugal tendo orientado várias equipas como o Barreirense, O Elvas, União de Montemor e Vitória de Setúbal (camadas jovens).